Когда вагоны с музейным собранием прибыли в Горький, оказалось, что места для коллекции в городе уже нет. В сейфах горьковского отделения Госбанка оставили на хранение лишь предметы древнерусского прикладного искусства, среди них ожерелья, диадемы, эмали, змеевики-амулеты XII века.

Собрание вместе с эвакуированной коллекцией Третьяковской галереи и ряда других музеев на барже отправилось по Волге и Каме в Молотов (Пермь). Ещё в пути выяснилось, что Пермский облисполком не намерен выделять эвакуированным учреждениям помещения — «принять некуда». Как альтернативу предлагали Троицкий летний собор в Соликамске, который Пётр Балтун осмотрел и нашёл неподходящим. Две недели в сентябре 1941 года коллекции провели в барже на Каме. В итоге Русский музей и Третьяковка всё-таки остались в здании Пермской художественной галереи, занимавшей Спасо-Преображенский собор. К слову, её директор Николай Серебрянников был истово против соседства с эвакуированными собраниями — ведь оно означало перерыв в работе галереи. Заведующий отделом русской живописи Русского музея Алексей Савинов в своих записках назвал Серебрянникова «скотиной и отчасти жуликом», отметив 23 сентября: «Серебряников (орфография автора сохранена. — Прим. ред.) старается не пустить ни нас, ни вещей. Вынули вал с «Помпеей». И потом, триумфально, 3 ноября: «На совещании здесь влетело Серебряникову за желание выгнать нас в Соликамск, и всем местным за недопонимание». Впрочем, со временем отношения музейщиков наладились: в октябре именно Савинов и Серебрянников ездили за 30 километров от Перми за картошкой. Спали сотрудники музея в здании галереи, на тех самых ящиках, в которых привезли экспонаты. Небольшие отдельные помещения для жилья приезжим выделили только в 1942 году.

Тем временем и в Ленинграде музей продолжал жить. Напрямую в здание снаряды не попали, но из-за бомбежек все окна были выбиты, фанера и картон, заменявшие стекла, то и дело вылетали. В корпусе Бенуа от взрывной волны образовалась полуметровая трещина — какое-то время его даже хотели снести. Сотрудники продолжали писать статьи, ходили пешком на лекции, в том числе это делал главный хранитель музея Мстислав Фармаковский — почти в семидесятилетнем возрасте. Его жена Вера Евгеньевна писала в дневнике: «Налёты у немцев строго по графику: 6:40, 7:00, 7:20…» К этим часам музейщики «спешили в свои подвалы» (жили они в основном тут же, в музее), где, как вспоминает Фармаковская, до изнеможения пели романсы, чтобы заглушить голод. «Работа — обходить помещения, где находились фонды. Картины мы пересматривали, слегка протирали с обратной стороны, так как из-за сырости заводилась какая-то тля. Протирали мягкими губками и щёточками — оставляли просушиваться на свету... Только вынесешь 3–5 картин или ковры, как начинается обстрел. Моментально надо вносить картины обратно, в здание, и всё это с осторожностью». Под окнами Михайловского дворца разбили огород: выращивали картофель, свеклу, редьку, репу, морковь, немного помидоров и даже зелень. Отдельными жирными точками на плане, вычерченном заведующей научной библиотекой Валентиной Алексеевой, обозначены тыквы.

Георгий Лебедев, руководивший музеем в Ленинграде, вёл дневник, и там есть такой занятный эпизод: «8 августа 1943. Художник Пахомов рассказывал: утром я, знаете, гимнастикой занимаюсь. Вчера влез на крышу, разделся, облился водой… В это время в соседний дом — снаряд. Меня кирпичом обсыпало, а волна опрокинула на бок. Немного ушибся. Затем нагишом, весь в грязных потёках, сбежал вниз». Лебедев удивительно свободно и нешаблонно для подобной ситуации размышляет об искусстве, литературе, красоте («Кусты в музейном садике совсем бархатные. Весело чирикают воробьи. По вечерам вычерчивают арабески ласточки»). Но есть в его записях и такие строки: «Помню, зимой 1941–1942 годов я выдавал доски на гробы для умерших сотрудников музея. Но скоро досок не стало — запасы иссякли. И я говорил уже с раздражением: "Ну скажите, зачем покойнику гроб? Отвезите его в простыне. А доски кончились. Кроме того, живому древесина нужнее"».

Не дождался возвращения Русского музея из эвакуации заведующий реставрационной мастерской Тимофей Дец, руководивший упаковкой «Последнего дня Помпеи» и других ключевых полотен: реставратор не пережил первую блокадную зиму. Мстислав Фармаковский умер в 1946 году. Именно в 1946-м, 9 мая, музей вновь открылся для посетителей: женщины шли в музей нарядными, как в театр. В 1951 году без объяснения причин сместили с должности директора Петра Балтуна, и, по слухам, он с тех пор ни разу не приходил в музей.

В сегодняшнем Русском музее нет постоянной экспозиции, посвящённой военному периоду и блокаде, хотя в фондах ГРМ — огромное количество работ на эту тему. О войне посетителям может поведать лишь скромная выставка об истории музея в 49-м зале. Между тем ещё в июле 1944 года в нескольких залах, которые удалось привести в порядок, открылась выставка художников Ленинградского фронта. Аналогичную выставку проводил в эвакуации филиал музея в Перми. У Русского музея большая коллекция графики на блокадную тематику, и частично она ещё в 1980-е годы была представлена в малых залах корпуса Бенуа. Сейчас эта анфилада закрыта для посетителей.

На вопрос, почему при таком богатстве фондов мы не можем видеть постоянную экспозицию о блокаде, специалист по координации научной работы Руслан Бахтияров объясняет: в случае с графикой возможны только временные выставки — она требует особых условий хранения и экспонирования. А для масштабных живописных полотен, вроде «Обороны Севастополя» Александра Дейнеки, в ГРМ просто нет пространств. Появятся ли они и когда — неизвестно. Впрочем, тематические временные выставки музей проводит регулярно — например, в 2018 году к памятным датам приурочена выставка графики Соломона Юдовина, работавшего в Ленинграде в 1941-м.